薬師寺の南側には薬師寺を守護する休ヶ岡八幡宮があります。寛平年間（889～898）に栄紹別当により大分県宇佐八幡宮から現在地に勧請されました。休ヶ岡という地名は、貞観年間に大安寺の行教和尚によって八幡大神が大安寺の元石清水八幡宮に勧請された際、 八幡大神が休息された地であることに由来します。『今昔物語集』にも鎮守八幡大神が、金堂を火災から守ったという説話があり、古くから当社が厚く信仰されていたことがうかがえます。現在の社殿は慶長8年（1603）に豊臣秀頼の寄進によって造立されました。 社殿は全体に西面し、本殿・脇殿とも小高い石積みの壇上に建っています。社殿前庭にある座小屋は修復が多いものの、社殿とほぼ同じ時期の建物で、中世に始まった宮座が受け継がれている貴重な歴史的建造物です。
休ヶ岡八幡宮での祭礼には、薬師寺の僧侶が参列し、神前読経が行われます。また修正会や修二会など薬師寺の行事の際には、僧侶が八幡宮に参詣して八幡大神の守護を願います。