9. 彌勒三尊像
奈良有六大佛教宗派，統稱為「南都六宗」。「南都」一詞意指與京都對比，位於南方的奈良。藥師寺是南都六宗之一的法相宗的大本山（在宗派中的地位僅次於總本山，負責統管同宗派寺院）。學習宗派教義的大講堂中，祀奉著說法的彌勒如來。
身為未來之佛的彌勒如來站立於彌勒三尊像的中央，右側有法苑林菩薩，左側有大妙相菩薩隨侍。此外，在彌勒菩薩與兩位隨從之間，站著無著（右）和世親（左）。他們是一對印度人兄弟，弘揚法相宗基礎的唯識教義。彌勒三尊像已獲指定為國家重要文化財產。
佛教的開山祖師釋迦牟尼，預測了未來佛教的影響將會式微。根據傳統的佛教教義所述，祂的繼承人彌勒在下生地上開悟，並復興佛教教義的時代來臨以前，需上生佛教的天界之一兜率天等候。因此，彌勒通常被稱呼為菩薩，也就是尚未開悟者之意，但法相宗則是唯一稱呼為「彌勒如來」的宗派。
壇上也安放著守護世界與佛法的四大天王。
