在大講堂的內部,設有供僧侶們面對面進行論議(往復問答以顯揚教義)的兩座論義台。其聲會從大講堂挑高的天花板傳來回音,並響徹堂內。相較於其他宗派重視冥想等實踐行動,法相宗更看重勤學。因此,大講堂自古以來即可說是藥師寺內具有本質性及代表性的地點。
論議的主題中,包括初期印度大乘佛教中十分興盛的佛教哲學與心理學學派的唯識學派(又名瑜珈行派)之相關內容。唯識學派於西元654年由道昭(西元629-700)傳入日本。道昭是日本的僧侶,曾赴中國,並在將印度佛教傳入中國的漢傳佛教唯識宗創始人玄奘(西元602-664)門下學習。玄奘將唯識學派帶入東亞,在日本則以「法相」廣為人知;其將世界事物皆視為心識所變的思維方式,在法相宗的教義和論議中扮演著極為重要的角色。大講堂每年4月會舉辦名為「最勝會」的法會,其中,以奈良時代(西元710-794)舉行的形式重現僧侶們的論議。
大講堂也會供作每年11月藥師寺僧侶參加考試的會場使用。僧侶們必須花費21天,學習與背誦使用古老的語言書寫而成,約2小時的論議內容。
在大講堂的堂內,展出身為釋迦牟尼直屬弟子,且已悟道的10位偉人的雕像。這些雕像都是雕刻家中村晉也(西元1926-)的作品,用以展示縱使開悟十分困難,但只要具有耐力,即使是一般人也能達到該境界。