4. 藥師三尊像
金堂內安放著藥師寺的本尊「藥師三尊像」。當初志在創建藥師寺的第40代天武天皇（生年不詳－西元686）壯志未酬即駕崩，到了西元697年，由持統天皇（西元645－702）繼承其遺志供奉了藥師三尊像：中央坐著藥師如來佛，輔佐藥師如來佛的日光菩薩與月光菩薩分立兩旁。
藥師寺建設當時，木雕佛像在日本仍屬少見。藥師三尊像由總計20噸的青銅製作而成，原本還施以鍍金加工。此外，首飾等裝飾品大量使用了色彩繽紛的寶石。儘管因為火災與其他災難的影響，導致佛像原有的華麗特色喪失殆盡，但由於保留了近乎完整的狀態，因此藥師三尊像已獲指定為國寶。
藥師如來佛像高2.55公尺，因其姿態優雅，以及均衡又富有魅力的美感而廣獲讚譽。據說日本的知名思想家岡倉天心（西元1863－1913）曾經說過，「還未見過藥師寺的藥師如來佛像者，擁有第一次目睹的機會，因此十分幸運」。
