3. 金堂
金堂是主要的佛堂，修建以奉祀本尊的藥師三尊像。第40代天皇天武天皇（生年不詳－西元686）所修建的金堂和藥師寺的其他部分，從當初西元694－710年間，位於曾是日本首都的藤原京（現在的奈良縣橿原市）。其後，首都遷至位於北方約30公里的平城京（現在的奈良市）時，藥師寺也一起遷往了現在的西之京地區。
金堂曾經多次遭遇災難，包括戰國時代（西元1467－1600）發生的大火災等。藥師三尊像長期奉祀於臨時的佛堂中，最終在西元1968年正式開始進行重建金堂專用的募款活動。此項活動是透過抄寫經典並供奉的抄經費用所募集的資金舉行。現在，供奉抄經中一部分的100萬卷收藏於藥師三尊像上方的藏經閣內（其餘則收藏於藥師寺的其他建築中）。
金堂的重建已於西元1976年竣工，修復成原有的模樣。屋頂呈現名為「龍宮造」的形狀，使用了重現藤原京藥師寺遺址出土的碎瓦片製作而成的瓦。
