药师如来落座的巨大四方底座,由总共六个(上方两个、下方四个)大小相异的框架,以及其间包夹的盒型部分组成。从施于这些部分的设计,可得知日本在7世纪时曾通过丝绸之路与世界各国进行交易。最上面的一层描绘着象征希腊的葡萄藤,其下一层与盒型部分的左右两端则分别为波斯的莲花。盒型部分的各面绘有“蕃人”(“野蛮人”或“遥远的异国之人”),此处可见印度教的影响。其下方重叠的板状部分的四角,绘有中国神话里的神兽“四神”。四神分别与方位、季节、颜色,以及万物由金、木、水、火、土五种要素组成的五行思想相关。从底座的东侧开始,按逆时钟顺序分别为四神的青龙、朱雀、白虎和玄武。此底座向我们传递了当时日本的国际性,以及奈良位于丝绸之路最东处这一事实。