4. 药师三尊像
金堂内安放着药师寺的本尊”药师三尊像”。当初志在创建药师寺的第40代天武天皇（生年不详－686）壮志未酬而驾崩，到了697年，由持统天皇（645－702）继承其遗志供奉了药师三尊像：中央坐着药师如来，辅佐药师如来的日光菩萨与月光菩萨分立两旁。
在建造药师寺的年代，木雕佛像在日本还很罕见。制作药师三尊像共使用了20吨青铜，原本还施有镀金加工。此外，首饰等装饰品大量使用了色彩缤纷的宝石。尽管因火灾等灾难导致佛像原有的华丽特征不复存在，但由于保留了近乎完整的状态，现在药师三尊像已被指定为国宝。
药师如来像高2.55米，因其姿态优雅，以及比例对称又富有魅力的美感而广获赞誉。据说日本的著名思想家冈仓天心（1863－1913）曾经说过，“尚未见过药师寺的药师如来像者，拥有第一次目睹的机会，因此十分幸运”。
