18. 休岡八幡宮
走出藥師寺的南門即是休岡八幡宮，這裡奉祀日本國家和戰爭的守護神八幡神，同時也是鎮守藥師寺的神社。現有的建築修建於西元1603年，擁有修建於石砌壇上的正殿（祀奉神明的建築），以及連結正殿的南北偏殿，已獲指定為國家重要文化財產。
神社名稱中的「休」為「休憩」之意。根據傳說顯示，西元807年，八幡神從日本全國八幡宮的總本宮大分縣宇佐神宮出發，朝與藥師寺同為南都七大寺（「南都」意指對比於京都，位於南方的奈良）之一的大安寺前進時，途經此地並在此休息，因而建立了這座神社。此外，在其他的傳說中，當時尚不為人知的八幡神，以守護神身分前往東大寺的大佛開眼供養會（西元752年）的途中，曾在這個地點休息。
八幡神同時為神道與佛教雙方所奉祀。直到西元1868年政府發布佛教與神道正式分離的命令為止，長達千年以上，神道與佛教都維持著彼此緊密相接的關係。而祀奉八幡神的神社就位於藥師寺隔鄰一事，即可說是日本的佛教與神道諸神共存的例證。藥師寺附近5個村落的居民，從很早以前開始，每年到了7月，就會聚集在藥師寺境內東院堂隔壁的龍王社這座小神社內，舉辦祭祀龍神的儀式，龍神司掌著稻作不可或缺的水源。而在9月，則會在休岡八幡宮舉辦感謝土地諸神保佑結實豐收的儀式。神道與佛教如此融合，不僅止於寺院，也保障了地區人民的安寧。
