除了國寶藥師如來像外，此項活動還供奉兩幅畫作為本尊：1月1日～3日是奈良時代的吉祥天畫像（國寶）； 1月4日～15日為平成時代的吉祥天畫像。

"「修正會」始於12月29日的「身拭」（清潔佛像）活動。「身拭」是僧侶使用名為「淨布」的白布清潔和淨化佛像的活動。為了迎接新年，將依序清潔佛像，從金堂的《藥師三尊像》、大講堂的《彌勒三尊像》，到東院堂的《聖觀世音菩薩像》。"

抄經會從除夕傍晚進行到元旦的早晨。在這項活動中，我們將平靜地回顧過去一年並進行反省。

「除夕之鐘」
除夕夜，待僧侶誦經之後，遊客也可在藥師寺敲響「除夕之鐘」。

本寺會在金堂向本尊《藥師三尊像》（國寶）和吉祥天祈求健康的一年。許多遊客會造訪寺院進行新年參拜。

本寺會在金堂向本尊《藥師三尊像》（國寶）和吉祥天祈求健康的一年。許多遊客會造訪寺院進行新年參拜。

1月1日～3日
「修正會日中法會」每30分鐘在金堂舉辦健康祈禱。

「法話」（說法）
您可在藥師寺聆聽住持或其他眾多僧侶的法話。

備有幸運符和「惠方守」（招福的護身符）

藥師寺的「修二會」因為供奉十種人造花，又名為「花會式」；這項活動也被視作「為奈良捎來春天消息的活動」，廣為人知。

3月23日　身拭（清潔佛像）
「身拭」（清潔佛像）由負責花會式的「練行眾」進行。淨化整座佛堂後，接下來會使用鮮豔的人造花裝飾，為儀式做準備。

花會式將以1,600朵日本和紙製成的花卉妝點。

目前有兩個家族世世代代製作這些紙花。這些花卉每朵均為手工製作，使用以藥草和其他材料染色的紙張製成。

在花會式中，一天內會舉行六場法會（初夜、半夜、後夜、晨朝、日中、日沒），統稱為「六時之行法」。十位「練行眾」會不眠不休地連續舉辦法會。

僧侶使用「御前帳」（功德簿）進行祈福。在花會式中，練行眾會將您的祈願傳遞給佛陀。

「咒師」是負責密宗佛教儀式者，他會透過儀式塑造結界保護佛堂，以防大導師（負責整個儀式的主持僧侶）的祈禱被外敵打斷。
當燈光調暗且堂內轉暗時，法螺貝、鼓聲和鐘聲響徹廳堂。咒師隨後雙手持劍現身，並在堂內急速奔跑。這是以刀劍斬除天地邪惡的儀式。
此類儀式會持續一週。

3月25日　柴燈大護摩（火涉式）
在不動堂前燃燒護摩棒祈禱後，舉行「火涉式」（過火儀式）

在此期間會舉行各種供奉儀式。

花會式期間向寺院供奉的抄經文，將由練行眾在法會中誦讀，並進行特別祈禱。

3月31日　鬼追式（驅鬼儀式）
「鬼追式」是毘沙門天（戰神與懲惡之神）利用藥師如來佛賜予的力量，平息肆虐的鬼怪。
鬼象徵世俗的慾望，而此儀式則象徵在藥師悔過法會中反省個人的罪行並改過自新。