On estime que le pavillon Jionden date du début du XVIIe siècle. Il porte le nom du moine chinois Kuiji (632-682), connu au Japon sous le nom de Jion Daishi, qui a fondé l’école bouddhique Hosso avec son maître, Xuanzang (602-664), ou Genjo Sanzo. Le temple Yakushi-ji est aujourd’hui le temple principal de l’école Hosso au Japon.
En 2019, l’artiste et ancien Premier ministre Morihiro Hosokawa (né en 1938) a réalisé, dans le Jionden, une peinture murale intitulée La Fusion de l’Orient et de l’Occident. Son œuvre se compose de 66 panneaux qui encerclent la grande salle principale. Cette peinture murale s’inspire de la Route de la soie et du voyage ardu de Genjo Sanzo vers l’Inde à la recherche de textes bouddhiques. Les soutras qu’il a rapportés en Chine sont devenus le fondement de l’école Hosso, qui fut propagée par son disciple Jion. Sur le mur arrière gauche, une peinture de Jion le représente regardant par-dessus son épaule en direction de la statue de son maître Genjo, abritée dans la pagode située derrière le Jionden. La pagode abrite un fragment du crâne de Genjo.
Le Jionden était autrefois le pavillon principal du temple Chokyu-ji, situé à Osaka. Lors d’une importante réduction de la taille du Chokyu-ji en 1962, le Jionden a été transféré au Yakushi-ji. En 1984, il a de nouveau été déplacé pour être intégré au nouveau complexe de Genjo Sanzoin du Yakushi-ji. Le transfert a été achevé en 1988, et l’édifice a été rebaptisé pavillon Jionden.
Au vu de son style architectural et des techniques employées pour sa construction, les experts estiment que le Jionden a été initialement érigé au début du XVIIe siècle. Son toit traditionnel à croupe et à pignon est recouvert de feuilles de cuivre, ce qui témoigne des origines prestigieuses de l’édifice. Les archives du temple Chokyu-ji indiquent que cet édifice a été construit sous le patronage de Yodo-dono (1567-1615), la seconde épouse du puissant seigneur de guerre Toyotomi Hideyoshi (1537-1598). Yodo-dono l’aurait commandé pour prier pour les succès militaires de son fils Toyotomi Hideyori (1593-1615), et sa construction a réutilisé des matériaux excédentaires provenant de l’édification du château d’Osaka. Bien que le château d’Osaka d’origine ait été détruit en 1615, des fragments de son histoire subsistent aujourd’hui dans le Jionden.
Le Jionden est ouvert au public de fin avril à début mai, et de fin octobre à début novembre, à l’occasion de l’exposition de la peinture murale La Fusion de l’Orient et de l’Occident.