Le Yakushi-ji fut le premier temple du Japon à comporter deux pagodes, la pagode de l’Ouest (Saito) ayant été construite pour flanquer le pavillon principal de façon symétrique à la pagode de l’Est. On pense que la pagode de l’Ouest fut initialement érigée lors de la fondation du temple, mais elle fut détruite par un incendie en 1528. En 1981, elle a été reconstruite dans le style de la période Hakuho (645-710). Ses couleurs éclatantes rouges et vertes contrastent avec les teintes patinées par le temps de la pagode de l’Est, donnant une idée de l’apparence que devait avoir l’ancienne pagode dans sa splendeur d’origine.
Les pagodes dérivent des stupas, des structures à dôme blanc surmontées d’un épi de faîtage construites pour la première fois dans l’Inde ancienne et servant de monuments pour abriter d’importantes reliques, dont des fragments d’os du Bouddha. Les deux pagodes du Yakushi-ji abritent huit dioramas de création récente illustrant des scènes de la vie de Shakyamuni. Alors que les dioramas de la pagode de l’Est montrent des scènes de ses jeunes années, ceux de la pagode de l’Ouest commencent par l’atteinte de l’éveil du Bouddha à l’âge de 35 ans et le suivent jusqu’à sa mort à 80 ans. Ces tableaux ont été réalisés en bronze par le sculpteur Shin’ya Nakamura (né en 1926), un récipiendaire de l’Ordre de la Culture du Japon connu pour ses œuvres hautement spirituelles. La première des quatre scènes montre Shakyamuni atteignant l’éveil. La deuxième dépeint son premier sermon à Sarnath, en Inde, et le début de 45 années d’enseignement, tandis que la troisième montre sa mort, au moment de son entrée au Nirvana. La scène finale illustre ses funérailles, le partage de ses ossements entre ses disciples et leur placement dans huit urnes qui, selon la légende, seraient enterrées dans l’enceinte de temples à travers l’Inde et le Sri Lanka.