食堂内部展示着一幅长达50米的画作,作者为著名日本画画家兼东京艺术大学名誉教授田渕俊夫(1941-)。玄奘三藏院内所安放的平山郁夫(1930-2009)的绘画(大唐西域壁画),描绘了玄奘(602-664)为求取神圣经典,离开故乡中国,前往印度各地巡礼的长达17年的旅程。田渕俊夫师从平山郁夫,他的作品则描绘了佛教从中国传入日本时的情景。
建筑物中央即是本尊《阿弥陀三尊净土图》。阿弥陀佛据说当虔诚的信徒在濒死之际称颂其名时,会引领菩萨现身于信徒面前。
这一系列名为《佛教传来之道与药师寺》的绘画作品,以远赴中国学习佛教的日本僧侣们搭上回日本船只的场面揭开序幕。在漫长旅程的最后,抵达了药师寺创建时的日本首都藤原京(现奈良县橿原市)。其中一幅画描绘了当时寺院的情景。最后的一幅画,描绘的则是大约1,300年前从藤原京迁都后的平城京(现奈良市)。伴随此次迁都,药师寺也迁移至现址。此外,还有玄奘三藏院内收藏的平山郁夫一系列作品中也有所描绘的大雁塔的画作,大雁塔位于长安(现西安),是玄奘17年旅程的出发点。
食堂内部与绘画仅在特别的机会对外开放。