位于大讲堂北侧的食堂长达41米,其鲜艳的青黄色与白色十分引人注目。食堂是僧侣们齐聚一堂的用餐之处,同时也是自由聚集交谈的场所。根据发掘工程的结果,可知食堂十分巨大,至少可以容纳300人。根据药师寺留下的记载,其规模被认为仅次于奈良的东大寺与大安寺的食堂。全盛期的药师寺内,曾有300-350名僧侣在此修行。
一般认为最早的食堂建于730年,在973年因火灾烧毁,又在30年后得以重建。但此后直到现在的建筑重建完成之2017年为止,其间的经过不详。现在的建筑由世界著名建筑家伊东丰雄(1941-)操刀设计,外观虽令人联想起奈良时代(710-794),内部却是充满时尚感的宽敞空间。地板上的圆形轮廓标示着发掘调查时所找到的支柱遗迹之处,原有建筑的巨大屋顶正是靠这些支柱支撑的。
现在,此建筑作为一座多用途设施,被用来举办从宗教仪式到研讨会等各种活动。因其具备出色的音响效果,所以也适合举行演唱会,还举办过艺术等各种展览会。