18. 休冈八幡宫
走出药师寺的南门即是休冈八幡宫，这里祀奉日本国家和武运的守护神八幡神，同时也是守护药师寺的神社。现有建筑建于1603年，包括石砌坛上的本殿（即正殿，祀奉神明的建筑），以及与本殿相连的南北偏殿。休冈八幡宫已被指定为国家重要文化财产。
神社名称中的“休”为“休憩”之意。据说在807年，八幡神从日本全国八幡宫的总本宫大分县宇佐神宫出发，前往与药师寺同为南都七大寺（“南都” 意指与京都相比，位于南方的奈良）之一的大安寺时，途经此地并在此休息，因而建立了这座神社。而在其他的传说中，当时尚不为人知的八幡神，以守护神身分前往东大寺的大佛开眼供养会（752年）的途中，曾在此休息。
八幡神同时为神道与佛教双方所祀奉。直到1868年政府发布佛教与神道正式分离的命令为止，神道与佛教在长达千年以上的时间里关系密切。祀奉八幡神的神社与药师寺相邻这一事实，可以说是日本的佛教与神道诸神共存的例证。药师寺附近5个村落的居民，从很早以前开始，每年到了7月就会聚集在药师寺境内东院堂隔壁的龙王社这座小神社内，举办祭祀龙神的仪式，因为龙神司掌着稻作不可或缺的水源。而在9月，则会在休冈八幡宫举办感谢土地诸神保佑丰收的仪式。神道与佛教的融合不仅保障了寺院，同时也保障了地区百姓的安宁。
