建于玄奘三藏院伽蓝内中央的玄奘塔,是一座两层建筑,拥有鲜艳的朱红支柱和绿色窗户。塔内祀奉着右手持笔、左手拿经的玄奘三藏像。这个姿态是用以表现玄奘(602-664)结束17年的印度之旅后,返回中国从事经典翻译的形象。此雕像由20世纪的著名佛像雕刻家大川逞一(1899-1992)制作。
雕像的下方安放着20世纪40年代从中国带回的玄奘三藏的头盖骨碎片。这原本祀奉于邻接东京北部的埼玉县的寺院中,1991年药师寺承接了部分分骨,并将其祀奉于玄奘塔内,以赞扬玄奘的遗德。
玄奘塔正面悬挂写有“不东”的匾额。玄奘在印度时,曾发誓直到寻得经典为止绝不东行,也就是绝不返回中国。此二字即源自玄奘的誓言,是用来象征不屈不挠精神的名言。
据说玄奘在旅程中,曾多次担忧是否能最终达到目的。他在独自旅行时常常迷路,但同时也在这些过程中注意到自己的过失,努力加以修正。玄奘虽面临了各种逆境,但最终仍然实现了自己宏大的心愿。他坚韧不拔的故事,时常被作为佛教的教义,并被作为象征追求悟道者所面临的困难的实例。