3. 金堂
作为主要佛堂的金堂，其建造目的是祀奉本尊“药师三尊像”。第40代天皇天武天皇（生年不详－686）所建造的金堂及药师寺的其他部分，在最初的公元694－710年间，位于曾是日本首都的藤原京（现奈良县橿原市）。其后，首都迁往向北约30公里的平城京（现奈良市）时，药师寺也一起迁至现在的西之京地区。
金堂曾经多次遭遇灾难，包括战国时代（1467－1600）发生的大火灾等。药师三尊像长期祀奉于临时的佛堂中，1968年正式开始为重建金堂进行募捐。此项活动是通过抄写经书并供奉的抄经费用所募集的资金来进行。现在，所供奉的抄经中有一部分（100万卷）收藏于药师三尊像上方的藏经阁内（其余则收藏于药师寺的其他建筑中）。
金堂已于1976年重建完毕，恢复了原有的雄姿。其屋顶呈现名为“龙宫造”的形状，使用了重现藤原京药师寺遗址出土的碎瓦片制作而成的瓦。
