药师寺在与东塔对称的位置上修建了西塔,并因此成为日本首座拥有双塔的寺院。创建时修建的西塔虽于1528年毁于火灾,但按照白凤时代(645-710)的样式,于1981年得以重建。这座鲜红色的佛塔与外观古老的东塔形成鲜明对比,令人怀想创建当时的塔身外观。
佛塔是用于收纳包含释迦牟尼遗骨碎片等重要遗物的建筑。药师寺的两座塔内,有描写了释迦牟尼一生的“释迦八相”像。东塔与西塔分别安放着四尊,东塔描写的是他到出家悟道的前半生,西塔则描写了他在35岁时悟道直至80岁去世为止的生涯。这些青铜像均出自现代雕刻家中村晋也(1926-)之手。中村晋也以宗教色彩浓厚的作品闻名,并曾获文化勋章。西塔的四大场景中的第一景,是释迦牟尼在印度菩提伽耶的菩提树下冥想后开悟的场面。第二景描写的是他在印度鹿野苑最初宣讲佛法,从而开启了45年宣讲佛法的生活。第三景则描写他达到涅槃的境界。最后的第四景描写了释迦牟尼的葬礼,以及其遗骨被分赠信众,并被放入八个骨灰坛(据说埋葬于印度周边寺庙内)的情景。