除国宝药师如来像外，该法事活动还将供奉两幅画作为主尊：1月1日至3日供奉奈良时代绘制的吉祥天女像（国宝），1月4日至15日供奉平成时代绘制的吉祥天女像。

"修正会以12月29日的“御身拭”（净身仪式）拉开序幕。“御身拭”这一法事活动中，僧侣们会用名为“净布”的白色布料来清洁和净化佛像。为迎接新年而进行的佛像清洁的顺序是：先清洁金堂的药师三尊像，再清洁大讲堂的弥勒三尊像，最后清洁东院堂内的圣观世音菩萨像。"

除夕夜到元旦的凌晨之间，人们会通宵达旦地进行“御写经”。在这个活动里，我们静心回顾过去一年，反思自身。

除夕之钟
在药师寺的除夕夜，僧侣诵经完毕后，参拜客也可以敲响除夕之钟。

在金堂中，我们向主尊药师三尊（国宝）及吉祥天女祈求一年安康。许多信众都会前来参拜并为新年祈福。

在金堂中，我们向主尊药师三尊（国宝）及吉祥天女祈求一年安康。许多信众都会前来参拜并为新年祈福。

1月1日至3日的“修正会日中法要”会在金堂每隔30分钟进行健康祈愿。

法话
在药师寺，您可以聆听住持和其他僧侣的“法话”（讲经）。

提供幸运符和惠方守（祈求好运的护身符）。

药师寺的修二会被称为“花会式”，因为要向主尊佛像供奉十种人造花，这项活动素有“宣告奈良春日来临的仪式”之称。

3月23日 御身拭
为佛像净身的“御身拭”由花会式上做法事的僧侣“练行众”执行。待佛堂的全部佛像净身后，便以色彩鲜艳的人造花进行装饰，为法事做准备。

“花会式”上将供奉约1600朵用日本和纸制作的花卉。

目前有两个家族世代制作这种纸花。这些纸花均采用以药草等材料染色的纸张手工逐一制作而成。

在“花会式”上，一天之内共举办六场法事（初夜、半夜、后夜、晨朝、日中、日没），被统称为“六时之行法”。十位“练行众”僧侣不间断地主持这些仪式。

僧侣们使用“御前账”（祈祷簿）进行祈祷。
在“花会式”上，您的祈祷由“练行众”转达给佛陀。

咒师是密宗佛教仪式的负责人，他通过法事建立护持法堂的结界，确保“大导师”（主持全场仪式的最高位僧侣）的祈祷诵经不被外界干扰。
当灯光渐暗，殿内愈发幽暗时，法螺贝、太鼓与钟的嘹亮乐声充盈整个殿堂。双手持剑的咒师随即现身，在殿内疾驰奔走。此乃以双剑斩除天地间邪祟的法度。
这样的法事持续举行一周。

3月25日 柴灯大护摩（火涉式）
在不动堂前焚烧护摩杖进行诵经祈祷之后，举行“火涉式”（走火仪式）。

在此期间举行各种奉献仪式。

在“花会式”期间奉纳于本寺的摹写经卷，将在法事中由“练行众”诵读，并进行特别祈祷。

3月31日 鬼追式
“鬼追式”是毗沙门天（掌管战争与惩罚恶徒之神）运用药师如来所赐神力，平息狂暴鬼怪（恶魔）的仪式。
鬼象征世俗欲望，此法会旨在观想众生在“药师悔过法事”中忏悔罪业后，决心改过自新的修行心念。