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薬師寺デジタル絵巻

令和7年度　文化遗产多语言解说完善项目

欢迎了解药师寺的故事

为治愈皇后疾病

而由天武天皇创建的药师寺，

承载着人们的祈愿，

已走过1350年的岁月。

历经火灾、战火、

地震等重重考验，

药师三尊像与东塔

至今仍保持着创寺之初的风貌。

现在，让我们一同踏入药师寺的历史画卷，

那里古老的祈祷与现代的步伐交织相会。

第1章

创建

白凤的祈祷

遥远的往昔，白凤翱翔的天空之下。

天武天皇静静地仰望着天空。

只愿皇后之病得以痊愈――

正是由于这份祈愿，

药师寺诞生了。

最初，在藤原京右京八条三坊的土地上，

一座凝聚了祈祷与美的寺院诞生了。

天武天皇の願望被記載于

《日本書紀》東塔檫銘之中。

创建的关键人物
天武天皇
飞鸟时代
728年 东大寺创建
680年
天武天皇为祈求皇后鸬野赞良皇女（后来的持统天皇）病体康复，发愿兴建药师寺。
传承药师寺起源的
东塔檫铭
药师寺起源之地
本药师寺遗址
本药师寺东塔遗址

然而，天命无常――

686年，天武天皇与世长辞。

在沉痛哀悼之中，

皇后即鸬野赞良皇女登基继位。

这便是持统天皇。

持统天皇怀着对已故丈夫的思念，

致力于完成药师寺的建造，

为伽蓝与佛像的塑造倾注了心血。

686年9月9日
天武天皇
于飞鸟净御原宫驾崩。
697年7月29日
687年7月29日 据《日本书纪》记载，为持统天皇建造了佛像，并于当日在药师寺内举办了开光仪式。普遍认为此时开光的是本尊药师三尊像（国宝）
国宝 药师如来坐像
秉承先帝遗志…
持统天皇
第2章

药师寺的搬迁

平城迁寺与东塔的建立

710年，都城迁至平城京。

随之，在718年，

药师寺也迁至平城京右京六条二坊，

即现今所在地。

据传，本尊药师三尊像从藤原京迁至平城京，

历时七日方运抵。

此外，药师寺作为管理僧尼的僧纲所，

成为了代表日本的重要寺院之一。

聚集的僧侣们

为世人的健康与世界的和平而祈祷。

奈良时代
607年 法隆寺创建
730年
平城药师寺的伽蓝建设持续推进，东塔（国宝）建成。
被称为“凝固的音乐”
国宝 东塔

天平时代的药师寺，

作为人们祈祷的圣地而繁荣昌盛。

至今，药师寺依然传承着

白凤/天平时期的璀璨文化。

724年
在这一时期之前，吉备内亲王为其母元明天皇建立了东院（东院堂的前身）。
公元7世纪后半叶 〜 8世纪前半叶
圣观世音菩萨像（国宝）建造完成。
白凤遗韵 国宝 圣观世音菩萨像
753年
文室真人智努建造了佛足石（国宝）。大约在这一时期，亦建造了佛足迹歌碑（国宝）。
日本最古的佛足石
国宝 佛足石（上段）
国宝 佛足迹歌碑（下段）
772年
光仁天皇敕命开始修正会。大约在这一时期，吉祥天女画像（国宝）诞生。
保佑五谷丰登的女神
国宝 吉祥天女画像
公元8世纪
大讲堂的弥勒三尊（重要文物）建造完成。
唯识的教主
重要文物 弥勒三尊像
第3章

平安时代的药师寺

苦难与复兴的开端

即便都城迁至平安京，在曾是佛教中心的奈良，

人们依然为护佑国家而虔诚祈祷。

随着神佛折中的深入发展，人们既信奉神道也皈依佛教，

药师寺逐渐成为神佛共聚的寺院。

平安时代
830年
由仲继律师发愿，开始举办作为护国法会的最胜会。
889年
恭请八幡大神，建造了休冈八幡宫。八幡三神像（国宝）亦于这一时期建造。
僧人形象的神明 国宝 八幡三神像

平安时代，药师寺遭遇了一场大火。

赤红的火焰摇曳着，

将讲堂与回廊尽数吞噬的景象，

引得无数人悲叹不已。

面对接踵而至的灾难，僧人们挥洒汗水与泪水，

竭尽全力重建寺庙。

973年
“天禄回录”
食堂北侧十字廊起火，导致讲堂、三面僧坊、回廊、经藏、钟楼、中门及南大门等建筑尽数焚毁。此后，复兴工作在约1013年左右之前完成。
伽蓝半数化为火海
天禄回录
989年
大风吹飞了金堂的上层。然而，令人惊叹的是，木材和瓦片等材料完好无损，并迅速得到了修复。这个传说在《今昔物语集》等典籍中亦有记载。

在这个时代，药师寺在重建伽蓝的同时，

也兴起了众多法会，

其中一些至今仍在延续。

1107年
应堀河天皇之愿，于修二会献上假花。自此，药师寺的修二会开始被称为花会仪式。
1061年
慈恩大师像（国宝）绘制完成。
创建法相宗的名僧
国宝 慈恩大师像
第4章

穿越战火的药师寺

伽蓝复兴之愿

时光流转，进入镰仓时代――

药师寺内东院堂得以重建，

并塑造了守护佛法的四天王。

它承载着历经此时代人们的祈愿与技艺，

至今仍以不变的姿态守护着寺庙。

镰仓时代
1285年
东院堂（国宝）重建。
1289年左右
建造东院堂四天王像（重要文物）。
与大佛殿的四天王极为相似 四天王像
镰仓和样建筑的教科书
国宝 东院堂
「薬師寺伽藍絵図」

室町时代，药师寺再度遭遇灾祸。

地震、狂风，乃至卷入世间纷争之中――

为了复兴受损的药师寺，

历史上的那些人物也行动起来。

室町时代
1361年
南海地震导致金堂上层倾斜，中门等建筑倒塌。东塔与西塔，一方九轮坠落，一方相轮部分歪斜。
1455年左右
因大风导致金堂与南大门倒塌。
1466年左右
足利义政为复兴金堂
而派遣药师寺船前往朝鲜进行募捐。
向朝鲜国王请求支援。
1528年左右
“享禄战火”
因筒井氏与越智氏交战，导致金堂、讲堂、中门、西塔及僧房等建筑被焚毁。药师寺历史上最大的火灾。
烧毁的西塔佛像
重要文物 西塔遗址出土塑像残片

战乱之后，

僧侣们仍未放弃重建的希望。

这份努力将跨越世代，

绵延不绝。

安土桃山时代
1600年
在增田长盛的捐助下，临时金堂（旧金堂）完成上梁。
临时金堂（旧金堂）
1603年
丰臣秀赖重建了休冈八幡宫社殿（重要文物）。
重要文物
休冈八幡宫
江户时代

进入江户时代后，

药师寺屡次向幕府提出重建寺院的募捐请求。

僧侣们在各地进行募捐，

逐步推进寺庙的复兴与修缮工作。　

期盼着重拾昔日的风采――

1644年
因东塔发生倾斜，在本多政胜的捐助下修缮了东塔。
江户时代的药师寺
1808年
东塔的相轮发生倾斜，内部出现漏雨现象，因此同年对东塔进行了修缮。
令人痛心的东塔
文化四年 修缮申请记录
1852年
时隔约300年，讲堂得以重建。
艰难的45年
旧讲堂
第5章

摇曳千年的古寺

明治时期的动荡与荒废

进入明治维新时期，寺院领地被没收、神佛分离…

药师寺再次面临巨大的考验。

伽蓝的修缮亦难以周全，

只能静候时光悄然侵蚀，任其荒废。

明治时代
1872年
实施了首次文化遗产调查“壬申检查”。
檐下支撑着支柱的东塔
明治、大正时期的药师寺
第6章

白凤回归之时

通过写经连接起来的祈愿

昭和时代，

两位管主（住持）为药师寺倾注了心血。

令人敬畏的学僧桥本凝胤

及其弟子高田好胤。

昭和时代
1939年
桥本凝胤就任管主。在战争期间及战后的艰难岁月里，为复兴伽蓝而倾注心血培养弟子。
令人敬畏的学僧
桥本凝胤
1967年
高高田好胤就任管主。在担任副住持期间，他开始为修学旅行的学生们讲授佛法，并致力于通过写经募捐活动复原创建初期的金堂。
药师寺中兴之祖
高田好胤
1968年
发起“百万卷写经金堂复兴募捐”活动。药师寺伽蓝复兴之始。

高田好胤在复兴伽蓝之前，

思考着能让所有人都参与进来的方法。

这便是抄写佛经文字的“写经”活动。

这是一项前所未有的计划，

即通过写经并缴纳纳经费用，

以此作为伽蓝复兴的资金来源。

高田好胤为了结缘百万卷写经，

在各地播撒佛心之种。

1976年
继上一年完成百万卷写经募捐后，金堂于同年得以重建。
1981年
西塔得以重建。
1984年
中门得以重建。
金堂
西塔

在写经募捐的推动下，

伽蓝的复兴工作

自享禄战火以来，

历经近500年，

至今仍在持续进行。

至今，白凤样式的大伽蓝

仍在人们祈祷的力量中

持续复兴。

平成时代
2003年
大讲堂得以重建。
2015年
食堂得以重建。
2023年
国宝东塔的解体修复工程圆满竣工，并举行了落成庆典法事。
大讲堂
第7章

培育新文化的寺庙

古心传未来

被列为世界遗产的药师寺，

至今仍吸引着众多游客前来，

向佛像虔诚合掌祈愿。

药师寺不仅是守护文化遗产的场所，

更与当代人们的祈愿同行。

1991年
为供奉玄奘三藏顶骨而建的玄奘三藏院落成。
1998年
被列入“古都奈良文化财产”世界文化遗产名录。
玄奘三蔵院
玄奘塔

在复兴的伽蓝里，

久已中断的法事和艺能活动重焕生机，

为古老的文化增添了斑斓色彩。

创作伎乐
“三藏法师求法之旅”
最勝会

而创造并传承现代文化的场所，

便是药师寺。

由现代艺术家奉献的作品，

将当代的祈愿传承至未来。

平山郁夫画家《大唐西域壁画》
“西方净土须弥山”
田渊俊夫画家
《阿弥陀三尊净土图》
《佛教传来之路与药师寺》
细川护熙画家
《东西融合》
中村晋也
阿僧伽菩萨（右）
伐苏畔度菩萨像（左）
中村晋也
释迦八相像 “成道”

現代の薬師寺へ

您觉得药师寺的绘卷故事如何？

在白凤的天空下，一位天皇的祈愿，

开启了药师寺的故事。

尽管几经烈火焚烧，屡遭狂风吹折，

人们却一次次让它重新屹立起来。

在长达1300年的漫长岁月中，

祈愿的形式不断变换却始终生生不息，

至今仍在伽蓝的静谧中回响。

此时，您正见证

这幅绘卷故事，

您的心念亦将跨越时光，

传承至新的时代。

令和时代

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药师寺数字绘卷所记载的内容，是根据令和7年（2025年）时的学术研究整理而成。
其中亦包含尚未形成定论的内容。

intro

国宝东塔相轮部分用于保护中心柱的檫管上，刻有记载药师寺创建由来的檫铭。檫铭上留存着天武天皇与持统天皇创建寺院及赞颂药师如来功德的文字。
天武天皇与持统天皇在藤原京创建的药师寺旧址。中世纪时已荒废，如今仅可见建筑物的基石。（奈良县橿原市城殿町）
药师三尊像
本尊台座
药师寺由天武天皇于天武天皇九年（680年）为祈愿皇后病愈而发愿兴建。之后，据《日本书纪》记载，伽蓝的建造由持统天皇继承，并于持统天皇十一年（697年）举行了佛像的开光仪式，这尊佛像被认为是现今的药师三尊像。据《药师寺缘起》记载，现今的药师三尊像，是从藤原京的本药师寺历经七日迁座至平城京的药师寺。药师三尊以药师如来为中尊，日光菩萨与月光菩萨为左右胁侍，安奉于大理石须弥坛之上，是传承创寺以来世人祈愿的日本古代雕刻杰作。金堂虽在享禄元年（1528年）的战火中焚毁，但药师三尊幸免于难，至今仍被精心守护并留存至今。
药师如来所坐的台座上，装饰有葡萄蔓草纹、花纹、四神及异形像等多种精美图案。上框侧面环绕着葡萄蔓草纹，上框、台座腰部及下框处则如同镶嵌般点缀着椭圆形、方形与菱形的花卉纹瓷砖。
中段四面设有六扇窗户，窗内可见裸身力神。此外，在南北两面的中层，刻画了柱状的须弥山与坚牢地神，共同支撑着端坐于上方的药师如来。
下框四周描绘了中国传说中的四神兽（东=青龙、南=朱雀、西=白虎、北=玄武）。起源于希腊罗马的葡萄蔓草纹等图案，被认为受到了丝绸之路沿线国家如东方国家、印度及中国的影响，这些纹样与药师如来像一同，传承自创寺之初的白凤样式文化。
这座三重塔是药师寺内唯一保留了建筑初期原貌的建筑，据记载建于天平二年（730年）。它是平城京内现存最古老的建筑，同时也是日本现存塔中历史第三悠久的塔。其特点在于除了主屋顶外，每一层都设有一圈较小的单坡屋顶，乍一看，三重塔的外观看起来有6层。据说它传承了白凤样式，保留了独一无二的优美姿态。此外，顶部的相轮部分所设的檫管上刻有记载创寺缘由的铭文“檫铭”，而顶端安置的水烟则描绘了天人降临、赞颂礼敬的场景。
佛足石
佛足迹歌碑
佛足石，在释迦牟尼涅槃后，人们不造佛像，而以佛的足印等作为象征，作为礼拜的对象。据佛足石上的铭文记载，王玄策奉命从中国前往印度，临摹了鹿野苑的佛足印。随后，从日本入唐的黄书本实在长安普光寺再次临摹了此图样。而药师寺佛足石上所刻的图案，正是转写自黄书本实带回平城京右京四条一坊禅院的佛足印摹本。此外，铭文还记载了这块佛足石是由文室真人智努于天平胜宝五年（753年）为祈愿其妻茨田郡主往生极乐而建造，画师为越田安万，书写者则是神石手。
古代所立的佛足石存世稀少，此像为日本现存最古老的佛足石。
此歌碑由粘板岩制成，碑上镌刻的21首和歌均采用万叶假名书写——即借用汉字的音读和训读来表记日语。许多和歌的内容都围绕着佛足石歌，歌颂在石上镌刻佛足迹、虔诚礼佛参拜的功德。其形式为在短歌基础上增加七音，形成五七五七七七、共计三十八字的特殊歌体，被称为佛足迹歌体。此佛足迹歌被认为是在礼拜佛足石的仪式中所吟诵，从中可以窥见奈良时代日本人的信仰风貌。作为与《万叶集》齐名的奈良时代文学作品，向现代展现了当时文化的高度成就。
吉祥天是《金光明最胜王经》等经典中赐予福德的天女，在奈良时代，各国国分寺以吉祥天为本尊举行吉祥悔过仪式，广受信仰。据传，药师寺自宝龟三年（772年）起，奉光仁天皇敕命开始举行吉祥悔过仪式。从前，自正月1日起至7日，于八幡宫举行；自8日起至14日，则在金堂进行吉祥悔过仪式。据分析，吉祥天女画像正是作为其本尊而建造的。
观世音菩萨是大乘佛教的代表性菩萨，鸠摩罗什译本中译为“观世音”，玄奘译本则译为“观自在”，通常简称为“观音”，其非变化身的形象被俗称为“圣观音”。东院堂的本尊圣观音菩萨像，作为古代观音像，与金堂的药师三尊像一同，均是具有时代特色的佛像。该佛像面朝前方直立，衣纹左右对称，可见飞鸟时代的古老样式；而其丰满的体态与舒展的造型则展现出新时代的特征，关于其具体铸造年代，至今学界仍争论不休。
弥勒菩萨，据传在释迦牟尼佛涅槃之后，经过五亿七千六百万年（一说为五十六亿七千万年），将化身为弥勒如来降临世间，于龙华树下进行三次说法，以救度众生。据说他还讲授了法相宗的重要论疏之一《瑜伽师地论》，将唯识教义传授给了阿僧伽菩萨。大讲堂内供奉的弥勒三尊为奈良时代铸造的一丈六尺金铜佛像，最初曾作为药师三尊被祭祀。自平成五年（1993年）至平成九年（1997年）间，佛像经历了保护性修复，并于平成十五年（2003年）借大讲堂落成庆典之机，正式作为弥勒如来、法苑林菩萨与大妙相菩萨组成的弥勒三尊像供奉至今。
吉祥天は『金光明最勝王経』などに登場する福徳を授ける天女であり、奈良時代には諸国の国分寺で吉祥天を本尊とする吉祥悔過が行なわれ、広く信仰されていました。薬師寺では宝亀3年（772）から光仁天皇の勅願により吉祥悔過が始められたとされて、かつては正月1日より7日は八幡宮で、8日より14日は金堂で吉祥悔過が行なわれていました。吉祥天女画像はその本尊として造立されたと考えられています。
休冈八幡宫所供奉的八幡三神像，是八幡神以僧人形象展现的神佛折中的象征形态。僧形八幡神像被认为是在宽平年间（889～898年）与神功皇后、仲津姬命一同创建休冈八幡宫时所造，是神像雕刻中最古老的作品之一。八幡三神像虽不足40cm高，却展现出庄重威严的姿态。尽管部分地方采用了不同木材拼接，但整体仍由一块木材雕刻而成，其表现手法与公元9世纪的佛像雕刻有着共通之处。
天禄四年（973年）2月27日，食堂北侧的十字廊突发火灾，导致讲堂、三面僧坊、回廊、经藏、钟楼、中门及南大门等建筑尽数焚毁，唯金堂与东西两塔幸免于难。《药师寺缘起绘卷》中描绘了奋力抢救佛像与宝物、尝试扑灭火势的人们，以及誓要守护伽蓝的护法神。
慈恩大师，名基，生于唐贞观六年（632年），作为玄奘三藏的弟子出家，并从事佛经翻译工作。此外，他还师从玄奘三藏学习教义，撰写了多达25部120卷的注释书，被誉为“百本疏主”。慈恩大师因集法相宗教义之大成而被尊为宗祖，药师寺的慈恩会（即慈恩大师忌日法会）据传始于康平四年（1061年），而本尊佛像也被认为是同一时期所造。
被称为日本三大会（南京三会）之一的法事是最胜会。这是祈求国家安泰、五谷丰登的法事，同时也是国家选拔人才的考场。
修二会是奈良大寺为祈求国家繁荣、五谷丰登、万民安乐而举行的春季活动。因装饰十种假花而被称为“花会仪式”。
西塔内曾以塑像形式展现了描绘释迦牟尼生平事迹的释迦八相像，但在1528年的享禄战火中被烧毁。原本安置的塑像群中，部分因火灾被烧灼硬化，虽已残缺，却得以留存下来。以此为参考，中村晋也将释迦八相像复兴为金铜像。
享禄战火之后，金堂的重建工作随即展开，临时殿堂大约在1557年左右得以建成。之后，由大和郡山城主增田长盛公捐助500石，将其改建为瓦顶的临时金堂。
药师寺的镇守——休冈八幡宫，创建于平安时代宽平年间（889～898年），由药师寺别当荣绍募捐创建。相传，大安寺的僧人行教从宇佐八幡宫请来八幡神时，因八幡神曾在此山冈休息，故得名休冈。《今昔物语集》中记载了一则传说：天禄四年（793年），当药师寺遭遇火灾时，从休冈八幡宫飞来八幡神使者——鸽子，保护了寺院免受火患。现在的社殿是在庆长八年（1603年）由丰臣秀赖捐赠重建的，主殿内供奉着僧人姿态的八幡神——八幡三神像，而南北两侧的配殿则祀有二十二尊绘制于木板上的神像，即板绘神像。
描绘江户时代药师寺的图画。享禄年间的战火焚毁了西塔与讲堂，如今已不见踪影，唯余数座小佛堂静静矗立。如今与昔日无异的殿堂，仅剩中央的东塔及其右侧的东院堂等寥寥几处。（《大和名所图会》卷三部分/1791年）
这是807年药师寺提交的伽蓝修复与重建请愿书副本。东塔受损最为严重，最先被描绘下来，其相轮大幅倾斜，呈现出令人痛心的姿态。记录中还提到，从缝隙流入的雨水已蔓延至一层。（《为应官府查询而呈上的重要请愿书》副本）
重建享禄战火中烧毁的讲堂，是江户时代药师寺的夙愿。1807年，向幕府申请重建讲堂，并在各地为重建讲堂进行的募捐活动，直至完成共耗费了45年时间。
东院堂，亦称东禅院，相传是长屋王之妃吉备内亲王为纪念其母元明天皇而建。据推测，此处原应有正殿、细殿及僧房三栋建筑并列而立。现存建筑重建于弘安八年（1285年），是典型的镰仓时代佛堂建筑。内部采用传统的和式建筑风格，但外部可见其融入了中世纪的创新元素，例如柱子未使用横木而改用横撑，并在镶板木门及头贯处采用了木鼻装饰。重建时原为朝南，后在享保十八年（1733年）进行修缮时改为朝西。
四天王是佛教世界中守护须弥山四方、位于山腰处的护法天神，分别由东方持国天、南方增长天、西方广目天、北方多闻天镇守四方。东院堂安置的四天王像，是仿照镰仓时代重建的东大寺大佛殿四天王像所制，堪称大佛殿样式四天王中的杰作。此外，多闻天的台座背面刻有建造时的铭文，据记载可知，此像于正应二年（1289年）由法眼隆贤与骏河法桥定秀共同制作，其中多闻天与持国天的彩绘由兴福寺的观舜房法桥庆允负责，而增长天与广目天的彩绘则由伊贺法桥有俨负责。
在1872年进行的近代首次文化遗产调查——壬申检查期间拍摄的老照片中，记录下了檐下支撑着支柱的东塔景象。
明治、大正时期从西南方向眺望药师寺的景色。从右侧可见南门与东塔，中央树荫后方则显现出旧金堂的身影。左侧可见佛足堂的屋顶，堂内曾供奉着不开门、佛足石及佛足迹歌碑。选自药师寺发行的《药师寺绘叶书》第一辑。
1897年出生于奈良县。1904年进入法隆寺，师从佐伯定胤和尚。宗教大学毕业后，进入东京帝国大学文学部学习，并参与了《大正新修大藏经》、《佛书解说大辞典》等典籍的编纂工作。1939年出任药师寺管主，1941年就任法相宗管长，1967年功成身退，成为长老。严守戒律不食荤腥不近女色，精通唯识教学于海内外讲学，培养众多弟子，为白凤伽蓝的复兴奠定了坚实基础。致力于保护日渐消失的奈良文化遗产，并为平城宫遗址国有化倾注了心力。1978年逝世。
1924年出生于大阪府。昭和十年（1935年）进入药师寺，师从桥本凝胤。1949年，出任药师寺副住持，以生动易懂的讲解方式为前来药师寺的修学旅行生传授佛法。1967年担任管主，1968年就任法相宗管长。管主晋山之际，发愿复兴金堂，发起了“百万卷写经金堂复兴募捐”行动。复兴了金堂、西塔、中门等建筑，重现了创寺之初的风貌。1998年逝世。
据传，创建之初的金堂是一座采用玛瑙蔓石、琉璃铺地、苏芳高栏、紫檀天花板拉窗等样式建成的双重二阁建筑。金堂尽管躲过了天禄四年（973年）的火灾，但康安元年（1361年）地震导致上层结构倾斜，文安二年（1445年）金堂又因大风倒塌。而正在重建的金堂，也在享禄元年（1528年）的战火中被焚毁殆尽。烧毁后，规模缩小的金堂重建工作持续推进，至庆长五年（1600年），大和郡山城主增田长盛将其改为瓦顶。
复兴创建初期的金堂是药师寺的夙愿。昭和四十三年（1968年），高田好胤和尚发愿通过写经文复兴金堂，至昭和五十一年（1976年），一座白凤样式的金堂圆满落成。金堂上层设有纳经藏，供奉着全国各地奉纳的抄写经文。
东西两侧佛塔并立的伽蓝布局被称为药师寺式伽蓝，这是药师寺建筑的特征。创建之初，西塔与东塔并立，供奉着释迦八相像的塑像。西塔在享禄元年（1528年）的战火中被烧毁。西塔长久以来未能重建，但昭和九年（1934年）及昭和五十一年（1976年）进行的考古发掘，揭示了其创建初期的规模。此外，通过对东塔的考察，推进了西塔复兴的设计工作，并于昭和五十六年（1981年）时隔453的重建了西塔。墙壁上安装了直棂窗，并复原了风铎和装饰金属配件等，忠实再现了古代建筑风貌。
大讲堂，是为僧侣进行教学研修而举办法会的庄严建筑。据传，创建之初的持统天皇六年（692年），曾供奉着持统天皇为天武天皇所建造的阿弥陀绣佛像。此外，在平安时代的天长七年（830年），作为南京三会之一的最胜会亦在此启幕，大讲堂成为药师寺内的学术研习中心。然而，天禄四年（973年）遭遇火灾烧毁，之后虽得以重建，却又在享禄元年（1528年）的战火中被再次焚毁。为重建讲堂，募捐活动持续了很长时间，终于在嘉永五年（1853年），以创建时一半的规模重建了讲堂。药师寺发愿将讲堂恢复至创建初期的风貌，于平成十五年（2003年）复原了现今的大讲堂，并复兴了中断已久的最胜会。
食堂是僧侣们用斋的场所，根据考古发掘证实，初建时的食堂规模可容纳300人同时用餐。食堂于天禄四年（973年）毁于火灾，后在宽弘二年（1005年）得以重建，但不知何时又再度荒废。该建筑依据学术研究复原外部设计，并由伊东丰雄负责内装设计，于平成二十九年（2017年）完成重建。为延续历史上曾供奉阿弥陀三尊像的传统，特由画家田渊俊夫画家创作“阿弥陀三尊净土图”供奉于此。如今这里已重建为一处供人们聚集的崭新建筑。
玄奘三藏院
玄奘三藏像
玄奘三藏（602～664年）于唐朝贞观三年（629年）从中国启程前往印度求法，贞观十九年（645年）返回故土，倾尽毕生精力，将其带回的佛经中的75部共1335卷翻译为汉文。在翻译佛经的同时，他还向以慈恩大师基为首的众多弟子传授了法相宗的教义。在玄奘三藏门下，法兴寺（飞鸟寺）的遣唐僧人道昭僧都于白雉四年（公元653年）入唐求学，师从玄奘，将法相宗的教义传入了日本。玄奘三藏于唐麟德元年（664年）在玉华宫圆寂，后安葬于长安郊外的兴教寺。此后，遗骨因连年战乱而不知所踪，直至昭和十七年（1942年），在南京偶然发现了安放玄奘三藏顶骨（头骨遗骸）的石棺，其部分遗骨亦被运至日本。传承了玄奘三藏、慈恩大师、道昭僧都法灯的药师寺于平成三年（1991年）分得顶骨舍利，并建塔供奉，名为玄奘塔；至平成十二年（2000年），又获赠平山郁夫画家所作的“大唐西域壁画”，供奉于此。玄奘塔上悬挂着由高田好胤和尚题写的“不东”二字，象征着玄奘三藏西行求法坚定不移的决心。
供奉于玄奘塔的玄奘三藏像，由佛像雕刻师大川逞一建造，安放于埋藏玄奘三藏真身舍利——顶骨（遗骨）的石室之上。玄奘三藏像右手执笔，左手持从印度带回的梵夹，正专注翻译经典，其面容中透露出十六载求法之旅所铸就的坚定意志。
被称为日本三大会（南京三会）之一的法事是最胜会。这是祈求国家安泰、五谷丰登的法事，同时也是国家选拔人才的考场。
奈良时代的面具舞剧——伎乐。以东大寺大佛开光法会为首，各大寺院中时常上演伎乐表演，药师寺亦曾在孝谦太上天皇驾临时，于金堂前庭举行过伎乐演出。平安时代以后曾一度失传，借东大寺昭和大修缮落成庆祝法事之机得以复原。自1992年起，药师寺开始上演以玄奘三藏取经之旅为主题的创作伎乐《三藏法师求法之旅》。
玄奘三藏院的大唐西域壁画殿内，安放着由平山郁夫画家供奉的“大唐西域壁画”。从东侧开始，通过“晨曦中的长安大雁塔”、“穿越嘉峪关”、“高昌故城”、“西方净土须弥山”、“巴米扬石窟”、“德干高原的黄昏”、“那烂陀的月光”这7个场景，追溯玄奘三藏从中国到印度求取佛法的旅程。此外，天花板上还闪耀着以“丝绸之路群青天空”为灵感，将月亮、太阳与星空精美绘制的图案。平山画家耗时约20年创作了这幅壁画，他多次踏上丝绸之路取材，以寄托对玄奘三藏的追思。中学3年级时，在广岛亲历原子弹爆炸的平山画家，祈愿即将到来的21世纪成为和平的世纪，于平成十二年（2000年）12月31日举行了供奉开光仪式。
食堂墙面上，供奉着由田渊俊夫画师创作的、长达约50m的壁画“佛法传来之路与药师寺”。继平山郁夫画家描绘从印度至中国求法之旅的“大唐西域壁画”之后，田渊画家又创作了展现佛教自中国传入日本的作品。该作品通过14个场景，描绘了遣唐使船从中国启航、抵达日本，随后佛教文化从飞鸟京传至藤原京、平城京并逐渐繁荣兴盛的过程。
为庄严学习法相宗教理“唯识”的学寮——慈恩殿，细川护熙历时约6年绘制的障壁画“东西融合”被供奉于此。总计约157m的障壁画上描绘了东西方文化的交流，其画法是在和纸上涂抹白土，再于其上运用湿绘壁画画法绘制而成。中央佛堂绘有菩提树，四周以法相宗祖慈恩大师为中心，环绕着众多高僧、飞天起舞的天女与迦陵频伽，以及来自丝绸之路各国的信众，共同展现赞颂佛法教义的盛大场景。
阿僧伽（阿僧伽无著）与伐苏畔度（伐苏畔度世亲）是活跃于公元4至5世纪的北印度僧人，他们系统性地阐述并完善了大乘佛教的唯识思想。在药师寺，发愿于弥勒如来佛像两侧塑造阿僧伽与伐苏畔度两尊圣像。为此，中村晋也亲赴巴基斯坦进行实地考察取材，并于平成十九年（2007年）完成了佛像并庄严安奉。阿僧伽菩萨像肩扛佛塔，伐苏畔度菩萨手持贝叶经，经卷上装饰着象征弥勒如来菩提树的龙华树花。
从前，东西两塔内曾供奉着将释迦牟尼生平分为八个场景的释迦八相像。然而，由于塑像本身材质的原因，东塔的四相像在风雨侵蚀下逐渐破损，于正保元年（1644年）被拆除，如今仅存塑像的核心木架及部分残片。此外，西塔的四相像因享禄元年（1528年）的战火而烧毁，在昭和五十一年（1976年）对西塔遗址进行发掘调查时，出土了大量塑像碎片。
基于这些调查，为复兴释迦八相像，中村晋也于平成二十七年（2015年）建造了西塔四相像，令和五年（2023年）建造了东塔四相像，时隔约500年，释迦八相像得以重新安置。